Στα διεθνή ΜΜΕ κυκλοφορεί μια ενδιαφέρουσα εκδοχή για το πως μπορεί να βυθίστηκε το ινδονησιακό υποβρύχιο KRI Nanggala. Σύμφωνα με αυτή υπαίτιος μπορεί να είναι ένα «εσωτερικό» κύμα, όπως αποκαλούνται γιγαντιαία κύματα στον ωκεανό, τα οποία όμως εκδηλώνονται σε βάθος και δεν σχετίζονται με τα επιφανειακά.
Αυτά, μπορεί να είναι ύψους εκατοντάδων μέτρων (υποθαλάσσια) και ταχύτητας μερικών χιλιομέτρων την ώρα, τα οποία δημιουργούνται όταν συναντώνται απότομα όγκοι νερού με διαφορετικές πυκνότητες, αλατότητες και θερμοκρασίες, με αποτέλεσμα βίαιες κινήσεις μεταξύ τους.
Η ακριβής λειτουργία αυτών των κυμάτων δεν είναι γνωστή αλλά έχουν εντοπιστεί και μελετηθεί αρκετά ώστε να γνωρίζουμε και το πόσο σημαντικά είναι καθώς συνεισφέρουν και στην ανατάραξη του βυθού και στην άνοδο στην επιφάνεια θρεπτικών στοιχείων.
Τα «εσωτερικά» κύματα είναι μάλιστα πολύ συχνά στον Ινδικό Ωκεανό και ειδικά στην περιοχή που βυθίστηκε το υποβρύχιο. Καθώς εκεί, στο στενό του Λόμποκ που χωρίζει το ομώνυμο νησί από το Μπαλί έγινε το δυστύχημα. Το στενό είναι σχετικά μικρό σε πλάτος, περίπου 40 χιλιόμετρα και εκεί συναντώνται μεγάλα ρεύματα και διαφορετικής πυκνότητας νερά οπότε παράγονται με συχνότητα περίπου κάθε δύο εβδομάδες τέτοια «εσωτερικά» κύματα. Σύμφωνα με αυτή την εξήγηση, το KRI Nanggala παρασύρθηκε σε μεγάλο βάθος από ένα τέτοιο κύμα, χωρίς να υπάρχει δυνατότητα αντίδρασης, οπότε διαλύθηκε καθώς βρέθηκε σε πιέσεις πέρα από τη δομική αντοχή του.
Στη Μεσόγειο τέτοια «εσωτερικά» κύματα παράγονται στο Γιβραλτάρ καθώς και εκεί συναντώνται τα νερά της με τα νερά του Ατλαντικού.
Μια άλλη εκδοχή πάντως για την καταστροφή του KRI Nanggala είναι να συνέβη κάποια δυσλειτουργία κατά την εκτόξευση τορπίλης. Το υποβρύχιο είχε καταδυθεί για να κάνει ακριβώς μια τέτοια δοκιμή, η οποία είναι και μια από τις πιο επικίνδυνες φάσεις στην δράση του. Καθώς ανοίγει με ένα πολύπλοκο συνδυασμό βα-λβίδων η εξωτερική θυρίδα του τορπιλοσωλήνα εκθέτοντας το εσωτερικό του σε μεγάλες πιέσεις.
